Клиент не может синхронизироваться, потому что на некоторых файлах сервер закрывает соединение. На самом деле происходит следующее:
PUT If-Match;Нужно запретить клиенту разбивать файл на части, чтобы оперировать с сервером цельными файлами. Для этого в конфигах клиента прописываем размер части (chuckSize) заведомо больше размера хранимых файлов (в байтах):
[General]
# 1 Gb = 1024 * 1024 * 1024 (bytes) = 1073741824 (bytes)
chunkSize=1073741824
help.nextcloud.com: How to disable chuck file upload in sync client?